「交響詩篇エウレカセブン」より7年―。世代を超えた“新たな物語”始動！
主人公アオは、沖縄・磐戸島で老医師トシオと共に暮らしていた。行方不明の母を探す旅に出るために密漁で小銭を稼ぐ日々を過ごすアオ。そこにある日、一台のFP(Flying Platform、小型の空中移動体）が不時着する。FPを運転していたのは日本軍の依頼を受けた運び屋、ガゼル。アオはガゼルの積み荷から、ブレスレットを手に入れる。
アオはブレスレットに導かれるように、日本軍所有のIFO、ニルヴァーシュに乗り込んでしまう。
これまで誰も起動できなかったニルヴァーシュが稼働したのは、10年前の“あの事件”以来だった。
ニルヴァーシュと出会ったアオは、チーム・パイドパイパーのIFOとともにシークレットと戦うことになる。「後悔したくないから」と覚悟を決めたアオ。それは過去を知り、未来を切り開くアオの旅の始まりとなる…。